Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est théoriquement le ninja le plus puissant.
Il y a de celà plusieurs années, un démon renard à neuf queues, Kyûbi, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le 4ème Hokage stoppa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. Le maître ninja fit promettre aux habitants de ne rien dévoiler du sceau aux enfants du village. Ainsi Naruto devait pouvoir vivre normalement.
L'histoire commence vers la période de l'adolescence de Naruto. Orphelin et éternel farceur, il essaye à tout prix de devenir Hokage afin d'être reconnu par ses pairs dans son village. En effet, le démon scellé en lui à son insu a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui avec le temps ont fini par assimiler le démon à Naruto.
Naruto, ses deux compagnons Sakura et Sasuke et leur sensei kakashi vont devoir endurer des épreuves et combattre côte-à-côte pour vaincre tout les dangers...
